Der Klarissenkonvent wurde durch eine Gruppe Franziskanermönche geistlich betreut, diese lebten auf dem Wirtschaftshof im Osten der Klosteranlage. Der westliche Teil der Klosteranlage war allein den Nonnen und den Dienstschwestern vorbehalten. Der Zugang in diesen Klausurbereich erfolgte durch ein Tor an der Ostseite des Refektoriums. Die Emopre im Westen der Klosterkirche diente dem Klarissenkonvent als Ort für das Stundengebet und die Gottesdienste. Im Osten der Klosterkirche feierten die Franziskanermönche die Heilige Messe. Im Ostgiebel der Klosterkirche befand sich eine Außenkanzel.

Nach der Umwandlung des Klosters in ein evangelisches Damenstift wurden die Klausurbereiche aufgegeben und es entstanden Stiftsdamenhäuser auf dem Klostergelände. Der Nonnenchor in der Klosterkirche blieb jedoch auch für die Stiftsdamen der zentrale Ort des Klosters. Hier versammelten Sie sich zu ihren täglichen zwei Gebetsstunden.